Pemanfaatan bahan organik adalah salah satu teknik penerapan pertanian organik. Salah satu bahannya adalah pupuk kandang, yaitu pupuk yang berasal dari kotoran-kotoran hewan yang tercampur dengan sisa makanan dan urine.
Pupuk ini mengandung unsur hara N, P, dan K yang dapat digunakan untuk memperbaiki kesuburan tanah. Lebih jauh Winarso (2005) menjelaskan pemberian pukan akan memperbaiki struktur tanah, meningkatkan kapasitas menahan air, dan meningkatkan kehidupan biologi tanah.
Pemilihan jenis pupuk kandang (pukan) sebagai pupuk organik dapat ditentukan oleh kandungan unsur haranya. Misalkan, nilai kandungan unsur hara pukan sapi relatif lebih baik dibandingkan dengan pukan ayam.
Sedangkan proses pengomposan limbah organik dari sisa-sisa tanaman, dapat dipacu dengan menggunakan bioaktivator. Bioaktivator yaitu suatu mikroorganisme yang mampu meningkatkan suatu laju reaksi, salah satunya yaitu EM-4.
Sejumlah penelitian, pemakaian pupuk kandang pada tanaman budidaya sayuran menunjukkan hasil positif.
Penelitian tomat oleh Hilman dan Nurtika (1992) menunjukkan bahwa pemberian pupuk kandang 20 t/ha dapat meningkatkan bobot buah dan jumlah buah tomat.
Hasil penelitian Iskandar (2003), tanaman sayuran (pakchoy dan selada hijau) memberikan respon yang positif terhadap aplikasi bokashi..
Menurut Sutanto (2002) pupuk organik merupakan bahan pembenah tanah yang lebih baik daripada bahan pembenah buatan, walaupun pada umumnya pupuk organik mempunyai kandungan hara makro N, P dan K yang rendah tetapi mengandung hara mikro dalam jumlah cukup yang sangat diperlukan dalam pertumbuhan tanaman.
Pemberian bokashi yang difermentasikan dengan EM-4 merupakan salah satu cara untuk memperbaiki sifat fisik, kimia dan biologi tanah serta dapat menekan hama dan penyakit serta meningkatkan mutu dan jumlah produksi tanaman (Nasir, 2008).
Menurut Tata (2000) pupuk bokashi merupakan bahan-bahan organik yang difermentasikan menggunakan EM-4 dapat meningkatkan tanah yang miskin unsur hara menjadi tanah yang produktif melalui proses alamiah.
Sedangkan menurut Sutanto (2002) mikroorganisme efektif (EM) merupakan kultur campuran berbagai jenis mikroorganisme yang bermanfaat (bakteri fotosintetik, bakteri asam laktat, ragi, actinomycetes dan jamur peragian) yang dapat dimanfaatkan sebagai inokulan untuk meningkatkan keragaman mikrobia tanah.
Pupuk organik bokashi dibuat dari bahan-bahan organi seperti jerami, sampah organik, pupuk kandang, sekam padi, rumput dan limbah jamur merang yang telah difermentasikan oleh Effective Microorganisme (EM)
Dari sejumlah riset, pemakaian pupuk kandang sebagai bahan dasar bokashi, disarankan menggunakan kotoran hewan yang sudah tua. Sebab, hewan yang masih dalam tahap perkemabang akan lebih menyerap unsur P dan K sebagai pembentuk tulang dan organ tubuh lainnya.
Dengan kotoran hewan tua, di harapkan hasil fermentasi akan memberikan unsur hara K dan P tinggi, sehingga baik untuk tanaman buah.